Čapí hnízdo "přistálo" vyšetřovatelům OLAF na stole 25. listopadu 2015. Ten den jim poslal anonym prostřednictvím webových stránek tip, že v projektu Čapí hnízdo došlo ke zneužití peněz z evropských fondů.

OLAF má na svém webu platformu, přes niž může každý občan anonymně ohlásit podezření na zneužití evropských peněz.

Záruka anonymity má zajistit, aby se lidé nebáli "podělit" se s vyšetřovateli o své podezření.

OLAF začal případ Čapí hnízdo prověřovat 26. ledna 2016. Chopili se ho tři vyšetřovatelé, dvě ženy a jeden muž. Jejich identitu redakce zná. "Vyšetřovatelé OLAF provedli řadu vyšetřovacích aktivit. Od národních orgánů získali dokumentaci a informace, vyslechli dvě zainteresované osoby a řadu svědků a během vyšetřování se mnohokrát sešli s národními justičními orgány," píše OLAF ve své zprávě o případu, kterou mají HN a Aktuálně.cz k dispozici.

Závěr vyšetřování je jasný: "Za těchto okolností je OLAF názoru, že příprava a implementace tohoto projektu byla postižena četnými porušeními národní a evropské legislativy (…) Tato porušení mohou představovat podklad pro soudní řízení na základě příslušných ustanovení českého trestního zákoníku o dotačním podvodu a poškození finančních zájmů EU."

Jedním z lidí, které vyšetřovatelé vyslechli, byl i druhý muž hnutí ANO a Babišův nejbližší spolupracovník Jaroslav Faltýnek, který byl ve vedení firmy ZZN Pelhřimov a. s., jež Čapí hnízdo původně vlastnila. Od Faltýnka se toho ale OLAF moc nedozvěděl.

"Pan Faltýnek si nepamatoval detaily", "nemohl si vzpomenout na detaily", "pan Faltýnek buď tvrdil, že si na tyto detaily nemůže vzpomenout, nebo že odpověď nezná" - to jsou výrazy, které se ve zprávě objevují v souvislosti s výslechem Jaroslava Faltýnka.

O mnoho sdílnější nebyli ani notář blízký Agrofertu Svatopluk Procházka nebo Václav Knotek, Babišův "dvorní" právník. Oba odmítli vypovídat s tím, že je váže povinnost mlčenlivosti.

OLAF se proto obrátil na české ministerstvo financí a na Notářskou komoru ČR, respektive na Českou advokátní komoru, aby s výslechy obou mužů pomohly. Všechny instituce to ale odmítly s tvrzením, že k tomu nejsou kompetentní.

OLAF taky upozorňuje na podivný postup představitelů Regionálního operačního programu (ROP) Střední Čechy, který peníze Čapímu hnízdu přiklepl. Středočeši si objednali posudky projektu od dvou nezávislých expertů, jejichž identitu redakce zná. Oba přitom v návrhu projektu odhalili řadu problematických míst a vyzvali, aby je žadatel o dotaci vyjasnil. Jenže ROP žadatele s těmito posudky vůbec neseznámil a nevyzval ho, aby podle nich svou žádost o peníze dopracoval. "Navzdory závažnosti názorů obou expertů a absenci vysvětlení ze strany žadatele o dotaci byl tento projekt schválen," konstatuje ve své zprávě OLAF.

OLAF své vyšetřování uzavřel 18. prosince 2017. Podle něj Česko nemá nárok, aby dotaci ve výši zhruba 42 milionů korun dostalo proplacenou z evropských fondů. Čapí hnízdo tak musí zaplatit čeští daňoví poplatníci. Stát by ale mohl peníze vymáhat po příjemci dotace.