Společnost Farma Čapí hnízdo, tehdy ještě pod názvem ZZN Agro Pelhřimov, patřila Agrofertu. V prosinci 2007 se firma přeměnila na akciovou společnost s akciemi na majitele. V létě 2008 získala evropskou dotaci v programu pro malé a střední podniky, na kterou by jako součást Agrofertu neměla nárok. Po několika letech se společnost vrátila pod Agrofert. Babiš vlastnil Agrofert do předloňského února, následně jej vložil do svěřenských fondů.